Běžící systém Debian GNU/Linux nesmíte vypínat tlačítkem reset nebo prostým vytažením napájecí šňůry ze zásuvky. Pokud se operační systém nevypne řízeně, mohou se soubory na disku ztratit nebo poškodit. Používáte-li desktopové prostředí, obvykle se v menu vyskytuje položka „Odhlásit“, která vám umožní systém vypnout (případně restartovat).

Na konzoli můžete použít klávesovou kombinaci Ctrl+Alt+Del . Pokud žádná z předchozích možností nefungovala, můžete se přihlásit jako uživatel root a zkusit některý z příkazů poweroff, halt nebo shutdown -h now. Pro restart systému použijte příkaz reboot.