Για να κλείσετε ένα σύστημα Debian GNU/Linux σε λειτουργία, δεν θα πρέπει να επανεκκινήσετε το μηχάνημα από το κουμπί reset στο μπροστινό ή πίσω μέρος του μηχανήματος ούτε απλά να κλείσετε το μηχάνημα. Το Debian GNU/Linux θα πρέπει να τερματιστεί με έναν ελεγχόμενο τρόπο, διαφορετικά μπορεί να χάσετε αρχεία ή/και να προκύψει ζημιά στον δίσκο σας. Αν τρέχετε ένα περιβάλλον γραφείου εργασίας, υπάρχει συνήθως διαθέσιμη η επιλογή «log out» από το μενού των εφαρμογών που σας επιτρέπει να κλείσετε (ή να επανεκκινήσετε) το σύστημα.

Εναλλακτικά μπορείτε να πιέσετε τον συνδυασμό πλήκτρων Ctrl+Alt+Del . Μια τελευταία επιλογή είναι να μπείτε στο σύστημα σαν χρήστης root και να πληκτρολογήσετε μια από τις εντολές poweroff, halt ή shutdown -h now αν δεν δουλεύει κάποιος από τους συνδυασμούς πλήκτρων ή απλά προτιμάτε να γράφετε εντολές. Χρησιμοποιήστε την εντολή reboot για να επανεκκινήσετε το σύστημα.