Pour arrêter un système Debian GNU/Linux, vous ne devez pas redémarrer en appuyant sur le bouton-poussoir « reset » sur le devant de votre ordinateur, ni simplement arrêter l'ordinateur. Debian GNU/Linux doit être arrêté de la bonne manière, sinon des fichiers pourraient être perdus et le disque pourrait être endommagé. Si vous avez un environnement de bureau, il existe une option « éteindre l'ordinateur » disponible dans le menu qui permet d'éteindre ou de redémarrer le système.

Vous pouvez aussi appuyer sur la combinaison de touches Ctrl+Alt+Del. Vous pouvez aussi vous connecter en tant que superutilisateur et exécuter l'une de ces commandes : poweroff, halt ou shutdown -h now, quand les combinaisons de touches ne fonctionnent pas ou si vous préférez exécuter des commandes. Pour redémarrer le système, utilisez la commande reboot.