Per arrestare un sistema Debian GNU/Linux non si deve riavviare la macchina con il pulsante reset sul computer né spengere il computer. Debian GNU/Linux dovrebbe essere spento in modo controllato altrimenti si potrebbero perdere dei file e/o si rischia di danneggiare il disco. In un ambiente desktop solitamente è disponibile nel menu delle applicazioni l'opzione per il «log out» che permette anche di spengere (o riavviare) il sistema.

In alternativa è possibile premere la combinazione di tasti Ctrl+Alt+Canc . Come ultima possibilità, nel caso le combinazioni di tasti non funzionino o si preferisca digitare dei comandi, si può fare il login come root ed eseguire uno dei seguenti comandi poweroff, halt o shutdown -h now; usare reboot per riavviare il sistema.