Para desligar um sistema Debian GNU/Linux em execução, não deve fazer reboot com o botão de reset na parte da frente ou detrás do seu computador, ou muito simplesmente desligar o computador. Debian GNU/Linux deve ser desligado de uma forma controlada, caso contrário podem peder-se ficheiros e/ou pode-se danificar o disco. Se corre um ambiente de desktop, normalmente existe disponível uma opção para fazer “log out” a partir do menu de aplicações que lhe permite desligar (ou reiniciar) o sistema.

Em alternativa pode pressionar a combinação de teclas Ctrl+Alt+Del . A última opção é fazer login como root e escrever um dos comandos poweroff, halt ou shutdown -h now se as combinações de teclas não funcionarem ou se preferir escrever comandos; utilize reboot para reiniciar o sistema.