Để tắt hệ thống Debian GNU/Linux đang chạy, bạn không nên khởi động lại bằng cái nút đặt lại trên mặt hoặc về sau máy tính, hoặc đơn giản tắt điện. Hệ thống Debian GNU/Linux nên được tắt bằng cách được điều khiển, không thì tập tin có thể bị mất và/hoặc đĩa bị hỏng. Nếu bạn chạy môi trường ở trên (v.d. GNOME, KDE, Xfce), thường có tùy chọn “Đăng xuất” nằm trong trình đơn ứng dụng mà cho bạn có khả năng tắt (hoặc khởi động lại) hệ thống.

Hoặc bạn có khả năng bấm tổ hợp phím Ctrl+Alt+Del . Một tùy chọn cuối cùng là việc đăng nhập như là người chủ (root) và gõ một của những lệnh này: poweroff (tắt điện), halt (dừng) hoặc shutdown -h now (tắt máy -h bây giờ), nếu tổ hợp phím không hoạt động được, hoặc nếu bạn thích gõ lệnh hơn; hãy sử dụng lệnh reboot (khởi động lại) để khởi động lại hệ thống.